Park Krajobrazowy Puszczy Knyszyńskiej wraz z otuliną zajmuje obszar ponad 126 tys. ha. Obejmuje swoim zasięgiem niemal całą Puszczę Knyszyńską chroniąc w ten sposób jej lasy przed dewastacją czy nadmierną eksploatacją. W najcenniejszych przyrodniczo miejscach utworzono rezerwaty przyrody. W ich granicach nie prowadzi się gospodarki leśnej, a w tych objętych ochroną ścisłą natura musi „radzić sobie” sama bez pomocy człowieka.
W całym Parku utworzono dotychczas 21 rezerwatów przyrody, a kolejnych 12 planuje się wytyczyć w najbliższym czasie. Poruszanie się turystów w granicach rezerwatów jest ograniczone do wyznaczonych miejsc widokowych, ścieżek przyrodniczych i szlaków turystycznych. Niedozwolone jest samodzielne poruszanie się poza wyznaczonymi drogami.
Poniżej opisujemy cztery rezerwaty przyrody, których granice przebiegają w sąsiedztwie linii kolejki.
(302,44 ha) - rezerwat leśno-torfowiskowy, zachowanie naturalnych zespołów leśno-torfowiskowych stanowiących cechy fragmentu Puszczy Knyszyńskiej. Na terenie rezerwatu występuje 5 gatunków roślin chronionych. Podlega ochronie częściowej.
Szlak kolejki nie jest powiązany z rezerwatem w żaden sposób (nie łączą go szlaki turystyczne itp.), a w samym rezerwacie nie wytyczono ścieżek przyrodniczych i edukacyjnych.
(328,51 ha) - rezerwat leśny, zachowanie fragmentu Puszczy Knyszyńskiej z naturalnymi zbiorowiskami leśnymi, torfowiskowymi, łąkami i źródliskami. Na terenie rezerwatu występuje 17 gatunków roślin chronionych. Podlega ochronie - ścisłej i częściowej. Rezerwat posiada plan ochrony.
Rezerwat położony jest blisko szlaku kolejki. Można dotrzeć do niego pieszo z wykorzystaniem istniejących dróg leśnych wyruszając z „przystanku na żądanie” Czeremchowa Tryba (obecnie, tymczasowo jest to przystanek końcowy kolejki) oraz pieszo lub rowerem z jednego z punktów stycznych kolejki ze szlakami turystycznymi.
(227,11 ha) - rezerwat leśny, zachowanie w naturalnym stanie fragmentu Puszczy Knyszyńskiej obejmującego charakterystyczne dla jej obszaru układy geomorfologiczne wraz z bogatym drzewostanem sosnowo-świerkowym o charakterze boru mieszanego oraz zatorfionej doliny rz. Jałówka ze źródliskami i lasami łęgowymi. W rezerwacie występuje 8 gatunków roślin chronionych. Podlega ochronie częściowej.
Rezerwat położony jest bardzo blisko szlaku kolejki, planowane jest również uruchomienie krótkiego odgałęzienia kolejki, które zbliży ją jeszcze bardziej do rezerwatu bez naruszania jego granic. W rezerwacie wytyczona jest ścieżka dydaktyczna. W chwili obecnej Nadleśnictwo Supraśl umożliwia grupom zorganizowanym dojazd do ścieżki autokarem. Możliwe jest również dotarcie do rezerwatu pieszo lub rowerem z wykorzystaniem szlaków stykających się z kolejką.
(139,06 ha) - rezerwat florystyczny, zachowanie doliny strumienia stanowiącej charakterystyczny element przyrody Puszczy Knyszyńskiej wraz z hydrogenicznymi zbiorowiskami występującymi w dolinie. Na terenie rezerwatu występuje 16 gatunków roślin chronionych. Podlega ochronie częściowej.
Rezerwat znajduje się w bezpośrednim sąsiedztwie stacji końcowej kolejki w Kopnej Górze. Jest to również miejsce, do którego docierać mogą samochody osobowe i autokary.